宁波市环境保护局机构设置：
| 内设处室： |
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办公室 |
| 政策法规处 |
| 组织人事处 |
| 科技监测处 |
| 污染控制处（辐射环境管理处） |
| 自然生态保护处 |
| 建设项目管理处 |
| 计划财务处 |
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| 局属单位： |
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海曙分局 |
| 江东分局 |
| 江北分局 |
| 环境监察支队 |
| 环境监测中心 |
| 环境保护科学研究设计院 |
| 环境保护宣传教育信息中心 |
| 固体废物管理中心 |
| 环境工程技术评估中心 |
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| 县（市）区环保局： |
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鄞州区环境保护局 |
| 镇海区环境保护局 |
| 北仑区环境保护局 |
| 宁波市环境保护局科技园区分局 |
| 东钱湖旅游度假区环境保护局 |
| 大榭开发区环境保护局 |
| 慈溪市环境保护局 |
| 余姚市环境保护局 |
| 奉化市环境保护局 |
| 宁海县环境保护局 |
| 象山县环境保护局 |
| 保税区（出口加工区）环境保护局 |
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